(1）马德里商标国际注册必须以国内申请或者注册基础，而单一国家注册一般不需要。
因此，在申请时间上有一定的限制，对于急于通过马德里国际注册，以使其产品在海外市场销售的国内企业来说，会产生一定的影响。
(2）通过马德里体系进行国际注册，国际局对于通过马德里提交的商标国际注册申请，仅仅是负责向各指定国传递相关的申请材料，并不负责对申请商标进行审查，而各指定国商标主管机关有权依据各自的法律规定进行审查。
若遇到某指定国认为该申请不符合该国商标法律规定而要求作出补正、修改，或者初审（部分或全部）驳回需复审或者被异议而需答辩等情形，则需要按照该国的商标注册程序另行处理，由申请人另行委托各指定国认可的当地代理机构或律所依照相关程序处理，且需要另行支付包括代理费在内的相应费用。
对于这些情形的处理，与选择逐一国家注册途径是一样的，马德里商标国际注册并无任何优势。
(3）国际注册商标事先查询方式的局限性。商标的事先查询对于商标能否顺利获得注册至关重要。马德里国际注册，只能查询到通过马德里申请注册的国际商标信息，各成员国间的商标信息并没有实现共享，因而不具备统一事先查询的功能。
因此，对于准备申请商标国际注册，需要了解该商标的指定国或地区的商标注册情况的人，只能通过该指定国的商标代理机构或代理人进行预先查询和分析判断。由此便需另行支付一定的检索查询费用，且该商标在各指定国注册的可行性分析主要依赖于实施查询的代理机构或代理人。而马德里国际注册不能进行近似性查询，如果在后期实质审查中由于存在近似或相同商标而在有些国家被驳回，不仅已交注册费不会退，还降低了商标国际注册成功的机率。
(4）不颁发统一的注册证。申请人通过马德里国际注册途径提出申请后,可以快速收到国际局颁发的国际注册证明，但国际注册证明仅是该商标国际注册申请的凭证，相当于国内商标提交注册申请后的受理通知书，并不代表该商标在指定国家已具有法律保护的效力。
因此，马德里国际注册仅有一份国际局核发的国际注册证明，而没有直接证明商标权利的注册证（绝大多数成员国不会单独核发商标注册证)，对于习惯于经商标局核准盖章而获得商标注册证的国内企业来说，商标国际注册不颁发注册证会令他们感觉不踏实。若需要指定国家的商标注册证书，则需要产生不菲的费用;而单一国家注册，在完成后都会核发注册证，直观地表明了在各国的商标权利。
(5）注册效力不稳定。马德里国际注册与基础注册商标联系紧密——中心打击原则，由于“中心打击原则”致使商标国际注册效力具有不稳定性。自该商标国际注册之日起的五年内，商标基础注册或基础申请与国际注册的关系是相互依附的。
如果该商标在原属国的基础注册被撤销或宣布无效或该商标在原属国的基础申请被驳回,它在其他被指定缔约方的保护也就不再具有效力。
(6）后期商标管理不方便。一份马德里国际注册申请可涵盖若干个国家，对于商品项目删除，部分转让，变更，甚至商标注册人也不清楚自己的商标在马德里体系中各成员国的最终保护状态。
